Bei der Wiedereinweihung – nach Einsturz des Kirchendaches –  der St. Andrews Church –am 23.9.1988 schlug Colin Westmarland, Pastor der  St. Andrews Scots Church  dem deutschen Bostschafter Pagenstert vor, er könne die Patenschaft für deutschsprachige Christen übernehmen. Pagenstert wandte sich umgehend an die EKD.

Zu den Feierlichkeiten der Deutschen Botschaft Malta im Jahr 1989 anlässlich „40 Jahre Grundgesetz BRD“ war Oberkirchenrat Kremkau von der EKD geladen und nahm auch an einer Sitzung der schottischen „kirk-session“ teil. 
Doch erst die nächsten Feierlichkeiten „25 Jahre Diplomatische Beziehungen Malta-BRD“ im Jahre 1990 brachten den Durchbruch. Botschafter Pagenstert trug das Anliegen dem anwesenden Oberkirchenrat Birkhölzer von der Bayrischen Landeskirche vor. Nach Gesprächen mit der EKD schickte die Bayrische Landeskirche von 1991-2002 junge PfarrerInnen z.A. nach Malta. Da sie noch einen „amtierenden Pfarrer“ zur Seite brauchten, übernahm das der schottische Pfarrer Westmarland, der väterlich für die junge Gemeinde und ihre PfarrerInnen sorgte. Anfang Februar 1991 kam der erste und schon bald war ein Raum im schottischen Gemeindehaus in eine kleine Kapelle umgestaltet, sodass der erste Gottesdienst Ostersonntag, am 31.3.1991 dort stattfinden konnte. 

Die Leitung der Gemeinde war ebenfalls an die kirk-session der schottischen Gemeinde angeschlossen. Aber schon 1993 wurde ein eigenes comittee zur Leitung des deutschsprachlichen Teils der Gemeinde gegründet. 1996 wurde die Gemeinde mehr oder weniger selbstständig durch die Gründung eines Vereins „Deutschsprachige Evangelisch-Ökumenische Andreas-Gemeinde, Valletta, Malta“, der aber mit der St. Andrews Church verbunden „associated“ bleibt. Laut Satzung ist die Gemeinde sich ihres Herkommens von der Confessio Augustana bewusst, aber sie weiß sich auf Grund ihrer Zusammensetzung –Mitglieder aus verschiedenen Kirchen und Ländern –  in besonderer Weise zu einem Gemeindeleben im ökumenischen Geist und zu einer Orientierung an der Arbeit des Weltrates der Kirchen verpflichtet. 

2003 sah sich die Bayrische Landeskirche nicht mehr in der Lage, junge PfarrerInnen für den Dienst auf Malta freizustellen. Seitdem wird die Gemeinde durch „junge“ Pensionäre mit jährlichem Wechsel versorgt, die von der EKD entsandt sind. Eine solche Konstruktion erfordert eine lebendige und selbstständige Gemeinde, die vor Ort für Kontinuität sorgt. Diese Selbstständigkeit hat sie sich in langen Jahren erarbeitet. 

Zu den besonderen Höhepunkten in der Gemeindegeschichte gehört der Besuch der Ritter des Johanniterordens in Malta am Himmelfahrtstag 1997 mit einem Festgottesdienst in der St. Andrews Church sowie das 10 jährige Gemeindejubiläum, das 2001 mit vielen Gästen gefeiert wurde. Die Künstlerin Milena Kunz-Binjo, Frau des damaligen Botschafters Gerhard Kunz, übergab aus diesem Anlass der Gemeinde das Bild im sogenannten „Wohnzimmer“; das Altarbild hatte sie der Gemeinde schon früher geschenkt. Das ist ein Zeichen, dass die Deutsche Botschaft mit ihren Feierlichkeiten nicht nur bedeutsam für die Gründung der Gemeinde war, sondern immer – und so bis heute der Gemeinde sehr verbunden ist.